Historie jednotek SEALs sahá až do období 2. světové války. Na počátku všeho byla jednotka amerického námořnictva SeaBees (mořské včely). Nejednalo se o žádnou speciální jednotku typu commando, ale o pravidelnou ženijní jednotku amerického námořnictva, která se více než akcemi typu commando proslavila stavbami všeho druhu při postupu spojeneckých vojsk v Tichomoří. V roce 1943 nastala potřeba demoliční jednotky pro infiltraci do nepřátelských přístavů a následné destrukce lodí a přístavního zařízení.Vzorem pro vytvoření této jednotky byl nejspíše speciální oddíl SAS (Special Air Service), budoucí SBS (Special Boat Squadron), vytvořený ze stejných důvodů ve Velké Britanii v roce 1941. Z řad příslušníků SeaBees byla vybrána skupina necelých dvaceti dobrovolníků, kteří prošli speciálním výcvikem v potápění a demoličních dovednostech.Vedle svého úspěšného působení ve vodách Tichého oceánu v boji proti Japonsku (např. vylodění na ostrově Guam) se příslušníci NCDUs (Naval Combat Demolition Units) zúčastnily jako předvoj pravidelných jednotek při vylodění v Normandii v roce 1944. Příslušníci jednotek NCDUs se postarali o alespoň částečné vyčištění pobřeží od nástrah na plážích Omaha a Utah ještě před tím, než dorazila první vyloďovací vlna. Později se jednotky NCDUs spojily pod označení UDTs.

Roku 1947 sestavila Navy první jednotku bojových plavců, která se zabývala nejen průzkumem a destrukcemi všeho druhu, ale i bojovou činností typu commando. 
V korejské válce se jednotky UDTs zúčastnily vylodění v Inchonu, Wonsanu a prováděly různé záškodnické akce.
V březnu 1961 byly v US Navy vytvořeny dva speciální útvary, pro každou flotilu jeden. Zpočátku se jmenovaly SOT (Special Operation Team) a byly součástí UDTs.

Konečně 1. ledna roku 1962 byly po oficiálním schválení a oznámení veřejnosti prezidentem USA J. F. Kennedym vytvořeny první dvě jednotky, (1. ledna SEAL Team One a o týden později SEAL Team Two). První byla přidělena k tichomořské flotile, druhá k atlantické.

Název vznikl spojením slov SEa - Air -  Land (Moře - Vzduch - Země), tří živlů, ve kterých měla nová jednotka působit. Obě první jednotky byly zakládány z aktivních členů jednotek SOT - UDTs (jednotky UDTs byly s konečnou platností včleněny do SEALs roku 1982 pod názvem Delivery Vehicle Team).

Každá jednotka měla podle tabulkových počtů mít 20 až 25 důstojníků a 50 až 75 námořníků. Avšak US Navy měla citelný nedostatek důstojníků se zkušenostmi ze speciálních operací a kvalifikací bojového plavce. U mužstva o dobrovolníky nebyla nouze, ovšem jejich výcvik byl citelně ohrožen nedostatkem vyškolených důstojníků. Z tohoto důvodu bylo do SEALs převeleno několik příslušníků UDTs, aby vytvořili základ pro vznikající jednotky. Team One a Team Two zpočátku vycházely převážně ze zkušeností armádních speciálních výsadkových jednotek, jako jsou Zelené barety, Rangers a UDTs. Tato spolupráce se speciálními jednotkami US Army a výměna zkušeností přetrvává dodnes. Příslušníci SEALs jsou vysíláni k jednotkám podobného zaměření do Francie, Německa, Turecka, Itálie aj. Díky stále vzrůstající americké podpoře armády Jižního Vietnamu a její žádosti o vojenské instruktory z 1. ledna 1961, bylo v březnu téhož roku odesláno několik  novopečených příslušníků SEALs na pomoc při výcviku jihovietnamských jednotek. Byla to zejména LDNN (Lien Doi Nguoi Nhai), speciální jednotka vietnamského námořnictva v počtu čtyřiceti osmi mužů. Přesto tito instruktoři nebyli prvními členy SEALs, kteří vypomáhali jihovietnamskému námořnictvu v jeho nepříliš dobré situaci. Na plážích Vietnamu začala už 4. ledna operovat skupina UDT 11. Začátkem roku 1963 se k ní přidala i skupina UDT 12, která začala své „sestře“ vypomáhat ve všech jejích dosavadních činnostech, zejména vinfiltraci jihovietnamského pobřeží. Od roku 1966 došlo koficiálnímu zapojení jednotek SEAL do válečného konfliktu, čímž začala další etapa vývoje struktury celé US Navy Special Operations Command a s tím spojený rozvoj těchto speciálních jednotek.

Po velmi úspěšném působení SEAL Team One a Team Two ve válce ve Vietnamu se americké námořnictvo rozhodlo prosadit v politických kruzích USA vytvoření dalších jednotek SEAL. Díky tvrdě vydobytým zásluhám obou zakládajících jednotek byl tento návrh přijat a během sedmdesátých let byly vytvořeny další čtyři jednotky SEAL s čísly 3, 4, 5 a 8. V roce 1982 byl kvůli nárůstu aktivity různých teroristických skupin vytvořen speciální úderný protiteroristický tým s číslem 6.

Od války ve Vietnamu se jednotky SEAL zúčastnily téměř všech konfliktů, na kterých se podílely americké ozbrojené síly (oficiálně: Panama, Grenada, Perský záliv, Somálsko, Jugoslávie, Kosovo, Irák a Afghánistán). Jejich neúnavná výdrž, tvrdým výcvikem získané bojové schopnosti, spojené s vysokou inteligencí a flexibilitou, se staly pojmem v prostředí speciálních jednotek. Z těchto důvodů si týmy SEAL získaly úctu a uznání mezi profesionální i laickou veřejností.